En décembre 2009, après 17 années de coopération avec l'Agence canadienne de développement international (ACDI) dans plus de 30 pays, Alternatives apprenait, par un article paru dans un journal national, que son financement de programmes, accordé par l'ACDI, allait être coupé malgré le fait que l'organisation ait préalablement reçu des évaluations positives par des vérificateurs indépendants. La ministre de la Coopération internationale, Beverley Oda, ainsi que la Présidente de l'ACDI, Margaret Biggs, refusèrent de répondre aux appels de l'organisation. Plusieurs médias spéculèrent alors que cette décision était liée aux positions d'Alternatives relativement aux droits des Palestiniens. Après 15 mois de négociations, Alternatives se voyait finalement offrir un contrat représentant 30 % de la requête originale. En plus de la Palestine, des partenariats de longue date avec des pays tels que la République démocratique du Congo, le Niger, le Soudan, le Pakistan, l’Indonésie, le Nicaragua et le Honduras ont dû prendre fin.